台北市物理治療師公會於中華民國86年3月召開第一次籌備會議，主要推動成員為國立台灣大學與國立陽明大學之教師，以及各醫院物理治療師。經過前輩們的努力，終於在中華民國86年8月31日成立，經過三年的奮鬥，於民國89年7月29日完成第二屆理監事改選，成功將公會會務傳承下去。

本公會也於89年9月從陽明大學舊址搬遷到位於松山區八德路二段的新址，並於95年順利選出第四屆理監事，希望能夠秉持一貫的傳統，繼續為會員打拼。